申请公章鉴定是举证的一种方式，根据：《最高人民法院关于适用<中华人民共和国民事诉讼法>的解释》第121条第1款：“当事人申请鉴定，可以在举证期限届满前提出。申请鉴定的事项与待证事实无关联，或者对证明待证事实无意义的，人民法院不予准许。”的规定可知，当事人向法院申请鉴定原则上应当在举证期限届满前提出，即一审期间提出，如无正当理由未在一审中提出则应当承担举证不能的法律后果。这一点在新修订的《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第31条:“　对需要鉴定的待证事实负有举证责任的当事人，在人民法院指定期间内无正当理由不提出鉴定申请或者不预交鉴定费用，或者拒不提供相关材料，致使待证事实无法查明的，应当承担举证不能的法律后果。”中也能看出。

当然有原则就有例外，《最高人民法院关于适用《中华人民共和国民事诉讼法》的解释》第99条规定了在举证期限届满后，当事人对已经提供的证据，申请提供反驳证据或者对证据来源、形式等方面的瑕疵进行补正的，人民法院可以酌情再次确定举证期限；第101条规定了当事人因客观原因逾期提供证据，或者对方当事人对逾期提供证据未提出异议的，视为未逾期。这两条相对好理解，但102条又规定：“当事人因故意或者重大过失逾期提供的证据，人民法院不予采纳。但该证据与案件基本事实有关的，人民法院应当采纳”从该条来看，法院对故意或则重大过失逾期未提供证据的予以了“放宽处理”的思路。即为查清案件基本事实，二审法官认为“确有必要”则可以重新认可该证据。但要注意对于鉴定意见这类证据来说，法律已要求法官需要尽到释明义务，也就是说法官会向当事人解释申请鉴定的时间和不申请鉴定的法律后果。因此实践中对重新申请鉴定的请求法官一般不予准许。例如，(2018)内04民终2753号民事判决书写到“赤峰市中级人民法院认为，孙喜杰对潘爱生住院期间及用药情况有异议，二审提出申请鉴定，但未提交书面鉴定申请，且在一审审理过程中，经一审法院释明，如申请鉴定需在三日内提交书面鉴定申请，孙喜杰未在指定期限内提交书面鉴定申请，视为放弃鉴定权利，现二审申请鉴定无法律依据，本院不予准许。”结合本案，虽然A公司一审中未委托律师参加诉讼，但一审法官已对不申请鉴定的后果作出释明，且A公司虽对《合作协议书》中的公章产生质疑，但并没有证据支持其主张，故二审中法院未同意A公司重新提出的鉴定申请。

表见代理，是指虽然行为人事实上无代理权，但相对人有理由认为行为人有代理权而与其进行法律行为，其行为的法律后果由被代理人承担的代理。本案中，缑某某具有A公司盖章的授权委托书，风情街商场也确实由A公司经营，作为合同的收款方B公司与A公司关系十分密切，不仅公司注册在同一地址其法定代表人也为同一人，上述证据足以表明缑某某表现出了其具有代理权的外观，而刘某某在合同签订后如约将300万管理费打入B公司账户也说明了刘某属于善意的相对人。因此，即使公章系缑某某、陈某某、杜某某三人伪造，缑某某也已构成表见代理，A公司应当承担相应的法律后果。

一般来说公章真实与否与合同的效力之间并没有直接的因果关系，实践中对涉及虚假印章这类合同效力的认定，关键是判断代表权和代理权，而非公章真实性。如果合同一方委托人是公司法定代表人或拥有合法的代理权限，合同自然真实有效，如果委托人是无权代理或者无权代表，作为善意的相对方，只要能够证明对方已构成表见代理或者表见代表的合同也应该有效。如最高人民法院(2015)民申字第1620号民事判决书中提到“而对华瑞公司而言，到工商管理部门核实签章的真实性并非签订合同的必要环节。华瑞公司根据“合同、付款协议、以及现场勘查”，已有理由相信刘建民具有鑫丰公司的授权，华瑞公司已尽到谨慎的审查义务。根据《中华人民共和国合同法》第四十九条的规定，刘建民以鑫丰公司6号楼、7号楼、8号楼项目部的名义签订合同的行为构成表见代理，由此产生的法律后果应由鑫丰公司承担”。

2019年11月8日最高人民法院关于印发《全国法院民商事审判工作会议纪要》的通知第三章第十一条关于盖章行为的法律效力中指出“人民法院在审理案件时，应当主要审查签约人于盖章之时有无代表权或者代理权，从而根据代表或者代理的相关规则来确定合同的效力...代理人以被代理人名义签订合同，要取得合法授权。代理人取得合法授权后，以被代理人名义签订的合同，应当由被代理人承担责任。被代理人以代理人事后已无代理权、加盖的是假章、所盖之章与备案公章不一致等为由否定合同效力的，人民法院不予支持。”可以看出这一观点也被司法实践所认可。